Выполнение этого кода на моем linux mint 11 с Python 2.6 обычно приводит к созданию 2 окон, каждое из которых имеет рамку с кнопкой:
from Tkinter import *
root = Tk()
boot = Toplevel()
frame = Frame(root).pack()
button = Button(frame,text="button1").pack()
fr = Frame(boot).pack()
but = Button(fr,text="button2").pack()
root.mainloop()
Но выполнение кода дает мне одно окно (возможно, корневое) с обеими кнопками и другое крошечное окно, в котором нет рамки и кнопки.