Хм, я бы сказал, что это возможно, и, возможно, даже без расширения / изменения Hibernate / NHibernate.
Вы можете ввести класс, который отображает временную таблицу, но эта таблица будет существовать (иногда) только во время выполнения, поэтому проверка Hibernate, вероятно, будет жаловаться при запуске, если вы не отключите ее, что возможно, насколько я помню.
Вы пытались сопоставить класс с временной таблицей? Схема именования временных таблиц может быть проблематичной при генерации запросов. Вероятно, они будут специфичны для вашей РСУБД.
Полагаю, что все эти вещи можно решить путем расширения некоторых классов Hibernate, но я не пробовал.