Проблема в том, что Listbox использует виртуализацию.Если вы отключите это, то проблема исчезнет, например так:
<ListBox x:Name="myListBox" BorderBrush="Black" BorderThickness="1">
<ListBox.ItemsPanel>
<ItemsPanelTemplate>
<StackPanel />
</ItemsPanelTemplate>
</ListBox.ItemsPanel>
</ListBox>
В качестве альтернативы, вы можете оставить панель ItemsPanel по умолчанию и установить ScrollViewer.CanContentScroll="False"
в ListBox.И то, и другое отключает виртуализацию.
Мне кажется, этот вопрос связан.