Вы просто хотите посмотреть несколько PNG в качестве видео? Вам не нужно объединять их:
mplayer -fps 2 mf://*.png
В libavcodec ffmpeg есть быстрые кодеки без потерь, если вы хотите сделать это вместо записи PNG. например ffvhuff, или huffyuv.
Или, если вы не хотите использовать libavcodec, вы можете написать необработанный вывод y4m и передать его чему-нибудь. yuv4mpeg - это заголовок с частотой кадров и размером кадра, а затем несжатые пиксели для каждого кадра просто сырые.