В моем случае (magento) это была проблема с другими скриптами (используя прототип). Удаление библиотеки прототипов сделало colorbox работоспособным и в IE9. Попытка jQuery.noConflict();
не помогла заставить скрипты работать вместе. Я добавил метатег совместимости, чтобы включить режим совместимости в IE9 с IE8.
<meta http-equiv="X-UA-Compatible" content="IE=EmulateIE7" />