Вы можете использовать флаг Pattern.DOTALL следующим образом:
String str = "line1\nline2\nline3";
Pattern pt = Pattern.compile("line1\n(.+?)\nline3", Pattern.DOTALL);
Matcher m = pt.matcher(str);
while (m.find())
System.out.printf("Matched - [%s]%n", m.group(1)); // outputs [line2]