Вы можете использовать cleanTaskname
Допустим, у вас есть
:someproject:sometask1 UP-TO-DATE
:someproject:sometask2 UP-TO-DATE
:someproject:sometask3 UP-TO-DATE
И вы хотите заставить, скажем, sometask2 снова работать, вы можете
someproject:cleanSometask2
перед запуском задачи, которая все это запускает.
По-видимому, в gradle, каждая задача, которая понимает ОБНОВЛЕНИЕ, также понимает, как очистить себя.