Вы можете использовать VS.NET для работы за вас.На странице свойств вашего проекта перейдите на вкладку «Веб» и выберите «Использовать локальный веб-сервер IIS».Укажите URL, который вы хотите, и VS.сделает все остальное.
Чтобы конкретно ответить на ваш вопрос, нет необходимости, чтобы ваш сайт не был подпапкой корневой папки IIS, чтобы отработать, и отладка будет работать в обычном режиме.
К вашему сведению: я никогда не пользовался веб-сервером разработки и всегда использовал IIS.Большинство моих проектов - это подпапки корневой папки IIS, и я вручную редактирую файл .proj, чтобы указать его в нужном месте.Но это не обязательно для того, чтобы все работало.
С помощью Internet Information Services Manager вы сможете гораздо больше, чем создавать виртуальные папки.Все немного проще.
Однако, что касается IIS и ASP.NET в целом.Я бы посоветовал вам прочитать о пулах приложений и их модели процессов (различные параметры в ProcessModel, а также в других разделах).
MSDN и http://www.iis.net/ - это, как правило, хорошие места для получения достойной информации овсе вещи IIS.
Редактировать: Кроме того, вы также можете посмотреть на недавно представленный IIS Express.Он фактически заменяет сервер разработки и на самом деле является IIS 7 для любых целей и задач, поэтому все функциональные возможности IIS 7 доступны.Кроме того, вам не нужно запускать VS как администратор, если по какой-то причине вы не можете.
Если вы можете запустить VS.NET как администратор на вашем компьютере, я бы предложил использовать IIS 7.