Как визуализировать сгенерированную вторичную структуру РНК

Question

Я работаю над инструментом для визуализации вторичной структуры РНК, для этого я реализовал алгоритм Нусинова, который генерирует вторичную структуру РНК в виде списка с соответствующими индексами, код можно найти здесь [0]

[0] http://dpaste.com/596262/

Но я действительно застрял с пониманием того, как я должен его визуализировать (в виде плоского графика), приведенный выше код дает мне последовательный список вторичной структуры, поэтому кто-то может предложитьмне, как я могу визуализировать структуру. Пример такого инструмента можно найти здесь [1]

[1] http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi

, и я знаю, что есть лучшие алгоритмы, но покаЯ просто хотел бы визуализировать с этим, и как только я пойму визуализацию, я пойду на лучший алгоритм.

Answer 1

RNAviz стар, но все еще широко используется. JalView очевидно должен был получить вторичную структуру РНК через проект GSoC в прошлом году, но я не уверен, каков статус в программе.

Answer 2

Алгоритмическая визуализация вторичной структуры РНК (или любого другого графика) является сложной проблемой.Вы должны позаботиться о том, чтобы было как можно меньше перекрытий при сохранении постоянной длины ссылок.Как указывалось в других ответах, существует ряд существующих реализаций, которые вы уже можете использовать.Я просто добавлю еще один, который довольно прост в использовании и не требует загрузки:

forna - nibiru.tbi.univie.ac.at/forna

Здесьвам просто нужно ввести строку с точечной скобкой:

>molecule_name
CGCUUCAUAUAAUCCUAAUGAUAUGGUUUGGGAGUUUCUACCAAGAGCCUUAAACUCUUGAUUAUGAAGUG
((((((((((..((((((.........))))))......).((((((.......))))))..)))))))))

Это даст вам визуализацию, которая выглядит примерно так:

Это вычисляется с использованиемкомбинация программы ViennaRNA RNAplot и алгоритма силового ориентированного графа d3.

Answer 3

Вы можете сделать это с помощью jmol. Jmol позволяет вам добавлять произвольные связи / атомы в координатное пространство, используя его java или, я полагаю, его javascript api.

В общем, конечно, форматы файлов PDB будут использоваться для таких данных.