Я не верю, что есть простой способ добавить вертикальное расстояние между заголовком дерева и первым узлом. Это можно сделать, сделав клиента TreeItemRenderer и просто добавив пробел вверху.
Чтобы изменить цвет фона узла, когда он выбран, вы можете использовать
myTree.setStyle( "selectionColor", 0x0000FF );
или объявлено в mxml как свойство элемента управления
<mx:Tree selectionColor="0x0000FF" />