Командная строка для удаления с помощью msiexec:
msiexec / uninstall {GUID}
{GUID} - это код продукта пакета установки, который можно найти в свойствах проекта установки.
С помощью этой команды программа удаления может быть простой, например, bacth или отдельным приложением, выполняющим команду и выполняющим дополнительную очистку.
L.E. Кроме того, здесь - это онлайн-документация Microsoft для msiexec.
L.E. Хорошая статья предоставление фрагмента кода для создания приложения на C #, которое выполняет удаление