Не имеет значения, в каком формате ваши файлы - вы можете зашифровать любую последовательность байтов.
Прочтите документацию, скажем, TripleDESCryptoServiceProvider , и она предоставит вам все инструменты, необходимые для шифрования чего-либо.
Конечно, если TripleDES слишком медленный для вас, вы можете попробовать более слабый алгоритм. Но, честно говоря, вы обычно обмениваете скорость на безопасность в этих вопросах.