Script # не поддерживает ASP.NET Ajax, начиная с версии 0.6.Для получения более подробной информации см. этот официальный ответ или этот один.
Таким образом, возможно, лучшим вариантом будет миграция с MS Ajax на библиотеку jQuery, как было предложено в предыдущем ответе.