Просто нужно было программно вызвать loaddata с помощью call_command. Вы можете сделать это в setUp.
from django.test import TestCase
from django.core.management import call_command
class GlobalSetup(TestCase):
def setUp(self):
# Manually calling loaddata to import fixures
# that are not in INSTALLED_APPS
call_command('loaddata', 'cur_dir/fixtures_name', verbosity=0)