К сожалению, вы не можете добавлять какие-либо аннотации к свойствам, сгенерированным в POCO.
Возможный обходной путь - изменить шаблон TT, чтобы добавить пользовательскую аннотацию, которую вы хотите для данного свойства + объекта, который вы хотитетолько цель.
У меня была такая же проблема в предыдущем проекте, когда я хотел использовать Enterprise Library для реализации проверки.Я закончил тем, что создал частичный класс и написал методы, украшенные аннотациями.
В вашем случае вы можете попробовать создать в частичном классе свойство (с другим именем), которое возвращает свойство сущности EF с аннотациейсверху.