Вероятно, у вас есть «свисающая ссылка» в списке файлов вашей цели для компиляции или копирования - проверьте фазы компиляции и копирования для цели, которая выдает предупреждение.
Если он был физически удален, обычно проще всего ввести имя файла в поле поиска навигатора проекта - посмотрите, что Том подробно описал, - затем удалите файлы из проекта (ов).