То, что приложение Java может загрузить файл, не означает, что они делают это через HTTP. Тот факт, что IE не отображает ничего полезного , предполагает , что это не HTTP, хотя это не гарантия.
Вы должны посмотреть, как приложение Java загружает файл, и определить протокол - это должно сказать вам, как сделать то же самое с C #.
Конечно, это предполагает, что у вас есть код для приложения Java. Если вы этого не сделаете, но думаете, что авторы будут рады, если вы загрузите файл с вашим собственным кодом на C #, я советую вам отправить их по электронной почте, чтобы задать им протокол. Если они не не хотят, чтобы вы обращались к файлу, кроме как по их заявлению, я бы лично уважал их пожелания.