Если вы используете здесь списки IQueryable (например, из EF или NH), вы можете использовать методы AutoMapper.IQueryableExtensions, Project () и To ().
Это мой первый раз с AutoMapper, но мне удается создать карту только для модели:
Mapper.CreateMap<Person, PersonViewModel>();
Mapper.AssertConfigurationIsValid();
И затем использовать методы IQueryableExtension Project () и To ():
using AutoMapper.QueryableExtensions;
...
IQueryable<Person> people = new List<Person>().AsQueryable(); //actually from ORM
IQueryable<PersonViewModel> peopleVM = people.Project().To<PersonViewModel>();