Я не думаю, что пока есть опция persistence.xml (пожалуйста, зарегистрируйте ошибку), но вы можете сделать это с помощью IntegrityChecker.
Используйте SessionCustomizer для настройки IntegrityChecker на сеансе для проверки базы данных. Он проверит имена таблиц и имена столбцов, соответствующие базе данных.