Вы хотите сказать, что хотите использовать как прототип, так и jquery в проекте rails?Если вы настаиваете, то я хотел бы спросить, почему, потому что оба «пытаются» достичь одинаковых результатов.Почему вы хотите носить две базуки, чтобы убить одного человека ...;)
Тем не менее, если вы настаиваете, они конфликтуют, если используются вместе.Я бы посоветовал не включать библиотеки javascript в файл макета (application.html.erb) и включать их отдельно на отдельных страницах (в зависимости от вашего выбора для разных страниц) или в конкретные макеты контроллера, используя некоторый код в приложении.html.erb или любым другим способом, который вы считаете подходящим.Но предупредить вас - это безобразно!