Во-первых, недопустимо иметь несколько элементов dom с duplicate ids .Если эти флажки нуждаются в идентификаторах, сделайте их уникальными.Если им не нужны идентификаторы, просто отбросьте их полностью.
Чтобы получить список значений всех отмеченных флажков, выполните:
var checkedVals = [];
$("input[type='checkbox']:checked").each(function() {
checkedVals.push($(this).val());
});
Или вы можете выбрать различные группы флажков по имени:
var checkedMsgVals = [];
$("input[name='msg[]']:checked").each(function() {
checkedMsgVals.push($(this).val());
});
Чтобы отправить их в php, просто включите их в свой пакет данных, когда вы делаете вызов.Для этого вам нужно отправить объект, а не строку запроса.
var dataObj = {'id': id, 'to': to, 'checkedValues': checkedMsgVals };
$.ajax({
type: "POST",
url: "ajax.php",
data: dataObj,
});