Я думаю, вам нужно снова вызвать GetDCOrgEx после перехода в полноэкранный режим, или вы уже это делаете? Было бы полезно, если бы вы могли опубликовать код, где вы вызываете GetDCOrgEx, и рассчитать смещение Y.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Другая идея: Может ли быть так, что вы можете использовать то же смещение Y, но отрицательное? Или, возможно, рассчитать позицию Y и затем использовать height-ypos? Здесь есть исходный код , который использует glRasterPos2i по-разному в полноэкранном режиме:
if(!state->fullScreen)
// if fullScreen (don't forget the image/GL y-coord vertical flip)
glRasterPos2i((w - state->img->cols())/2, (h - state->img->rows())/2);
else
// for non-fullscreen images
glRasterPos2i(0,h);