Разложите ваши ресурсы в отдельный словарь ресурсов, а затем перетащите их в App.xaml следующим образом:
<Application.Resources>
<ResourceDictionary>
<ResourceDictionary.MergedDictionaries>
<ResourceDictionary Source="MasterResources.xaml" />
</ResourceDictionary.MergedDictionaries>
</ResourceDictionary>
</Application.Resources>
При необходимости вы можете добавить несколько словарей ресурсов.
Вы также должны сделать то же самое в UserControls (и Windows, которые ссылаются на UserControls, используя ресурсы):
<UserControl.Resources>
<ResourceDictionary>
<ResourceDictionary.MergedDictionaries>
<ResourceDictionary Source="MasterResources.xaml" />
</ResourceDictionary.MergedDictionaries>
</ResourceDictionary>
</UserControl.Resources>
Подробнее об этой теме см. http://ithoughthecamewithyou.com/post/Merging-Resource-Dictionaries-for-fun-and-profit.aspx.