Вот что я лично добавляю в свои файлы ant (build.xml):
<target description="bundle sources in a jar" name="package-sources">
<jar basedir="src" destfile="dist/${ant.project.name}-sources.jar"/>
</target>
<target depends="-javadoc-build" description="bundle javadoc in a jar" name="package-doc">
<jar basedir="dist/javadoc" destfile="dist/${ant.project.name}-javadoc.jar"/>
</target>
С Netbeans вызовите эти цели вручную, или вы можете использовать цели-ловушки:
<target name="-post-jar" depends="package-sources, package-doc" />