Вы не можете игнорировать ошибки компиляции. Они всегда будут терпеть неудачу при сборке.
Ваш единственный выбор - поговорить с тем, кто контролирует файлы, чтобы исправить их, или найти способ заменить их другим способом.
Если вы попытаетесь удалить их из сборки, вам также придется удалить все файлы, которые используют эти файлы. Например
class A {
B b;
}
Если B имеет ошибку компиляции, ваш скрипт сборки может пропустить B.java, но когда вы нажмете A.java, он все равно попытается скомпилировать B, поэтому A нужно удалить. Это может оказаться нетривиальной задачей.