Вы проверили метки времени, которые вы используете при записи на Кассандру?
Клиент указывает метку времени для каждого столбца, который вы пишете в cassandra. В какой-то части вашего кода может быть ошибка, связанная с неправильной установкой меток времени, что приводит к удалению обновлений.
В общем, также стоит убедиться, что разные клиенты используют одну и ту же гранулярность времени. Стандарт - это микросекунды с эпохи, поэтому, если вы будете использовать что-то, использующее миллисекунды с эпохи, оно не сможет перезаписать данные, созданные с большими временными метками. В этом случае и phpcassa, и cassandra cli соответствуют стандарту, поэтому, если вы не используете третий инструмент, который вы не упомянули, он подойдет.