Я бы не рекомендовал хранить простые списки.Причина в том, что вы не можете на самом деле запросить список с определенным содержанием.Вы можете вернуть все списки только с помощью (я не проверял, работает ли он):
// This returns all stored lists
List<List> result = db.query(List.class);
Поэтому я рекомендую создать объект, содержащий ваш список, и запросить эти объекты.Тогда также будет легко различать разные типы списков: вы можете создавать разные классы держателей или представлять метаинформацию для объекта-держателя.
Еще одна деталь: db4o не может индексировать содержимое коллекции.Это означает, что запросы, которые смотрят, содержит ли коллекция определенные элементы, будут медленными.