На эмуляторе у вас есть root-доступ.
На вашем телефоне у вас нет доступа с правами root (если только вы не root). И каждое приложение получает свою собственную личную папку со своим собственным идентификатором пользователя linux, так что одно приложение не может заглянуть в папку другого приложения. Это всего лишь один аспект модели безопасности Android. Есть много других.
Вы ищете что-то конкретное в этих папках? Если так, то есть обходные пути. Например, если вы пытаетесь просмотреть свой файл sqlite.db, один из обходных путей заключается в том, чтобы ваше собственное приложение (поскольку у него есть разрешение на это) программно считывает файл базы данных и восстанавливает его на SD-карте (каждый раз Вы хотите вручную проверить это).