Да, с помощью nhibernate вы можете создавать и обновлять схемы автоматически.
var cfg = new Configuration();
cfg.Configure();
cfg.AddAssembly(typeof (aClassFromYourProject).Assembly);
new SchemaExport(cfg).Execute(false, true, false, false);
Обновление: параметры перегрузки для SchemaExport.Execute изменились в версиях 3.x. Последний аргумент больше не нужен.
new SchemaExport(cfg).Execute(true, true, false);