Может быть, вы обрабатываете события мыши не из Window или UserControl или другого UIElement, а по конкретному элементу, который не наследуется от UIElement?Вам нужно использовать
<UserControl x:Class="...
MouseDown="HandleMouseDown"
.../>
вместо
<ListBox x:Name="...
MouseDown="HandleMouseDown"
.../>
Собственно, окно зависло полностью или просто не реагирует на щелчки мышью (бот делает на клавиатуре)?