Я предполагаю, что вы хотите вызвать функцию в службе Windows (программу) из другой программы и заставить вызываемую функцию возвращать результат вызывающей программе?
Это типичный случай для IPC(межпроцессного взаимодействия).Вы можете сделать это с помощью широкого выбора: удаленного взаимодействия, прослушивания сокета TCP, именованных каналов, MSMQ и т. Д. Или WCF, который поддерживает все вышеперечисленное.