Стоп-слова применяются к фасетам. Другими словами: если вы запрашиваете фасет поля, которое было проиндексировано с помощью стоп-слов, вы не должны видеть никаких стоп-слов в фасете.
Я предполагаю, что вы не индексируете то, что думаете: либо ваш файл schema.xml неверен, либо вы индексируете в поле, отличном от того, что вы думаете.
Я использую фасеты в этом поле и хорошо работает:
<fieldType name="text_ws_stop" class="solr.TextField" positionIncrementGap="100">
<analyzer>
<tokenizer class="solr.WhitespaceTokenizerFactory"/>
<filter class="solr.StopFilterFactory"
ignoreCase="true"
words="stopwords_spanish.txt"
enablePositionIncrements="true"
/>
</analyzer>
</fieldType>
...
<field name="phrases" type="text_ws_stop" indexed="true" stored="true" required="false"/>