Если единственное, что вам нужно во всем проекте из спецификации Java EE, - это получать сообщения от провайдера JMS, я советую вам не использовать WebSphere App Server.Используйте шаблон Tomcat + Basic Spring JMS.Простой, бесплатный, легкий.
Websphere создаст уровень сложности, который вам не нужен.Держитесь подальше от тяжеловесного сервера приложений.Но если вам нужно более сложное управление транзакциями (XA между JMS и БД), тогда приобретите настоящий сервер приложений Java EE.