Это по замыслу.Получите субмодули как второй шаг.
git clone git://url...
cd repo
git submodule init
git submodule update
Затем добавьте еще один шаг после git pull
.
git pull ...
git submodule update --recursive
Конечно, это работает, только если субмодули настроеныправильно в первую очередь ...