Удалить пробелы для каждой строки и не учитывать пустые и нулевые строки:
String line = buffer.readLine();
while (line != null) {
line = removeSpaces(line);
//ignore empty lines
if (line.isEmpty()) return;
....code....
line = buffer.readLine();
}
public String removeSpaces (String arg)
{
Pattern whitespace = Pattern.compile("\\s");
Matcher matcher = whitespace.matcher(arg);
String result = "";
if (matcher.find()) {
result = matcher.replaceAll("");
}
return result;
}