1) Вы можете получить доступ к текущему URL-адресу вкладки из введенных сценариев (window.location.href), просто отправить сообщение с введенным сценарием, получить URL-адрес и отправить обратный вызов в popover.
2) Вам необходимодинамически создавать поповер по нажатию кнопки на панели инструментов.Затем назначьте поповер на элемент панели инструментов.И покажите это
myPop = safari.extension.createPopover("myPopoverID", safari.extension.baseURI + "myFile.html", width, height);
myToolbarItem.popover=myPop;
myToolbarItem.showPopover();
После всех действий с popover вы должны освободить его.
Проверьте видимость поповера, присвойте элементу панели инструментов значение null и удалите поповер
if(myPop.visible == false){
myToolbarItem.popover = null;
safari.extension.removePopover(myPop.identifier);
}