Для Hibernate нет разницы.Каждый раз, когда Entity1 загружается Hibernate, его список экземпляров Entity2 будет инициализироваться (или повторно инициализироваться во втором случае) с настраиваемым ненулевым списком Hibernate.
Для вашего собственного кода это имеет значение.В первом случае каждый раз, когда вы создаете экземпляр Entity1, он будет в плохом состоянии со списком экземпляров Entity2, который будет нулевым, а не пустым.Каждый раз, когда вы захотите добавить новый элемент в список итерации по списку (даже в модульных тестах), вам придется прежде проверять, является ли список нулевым или нет.Второй случай лучше, так как он инициализирует объект в хорошем состоянии, где список готов к использованию.