Даже если вы удалили файл в следующем коммите, старый коммит все еще там, и он все равно будет отправлен.
Вы должны сделать git reset --hard <sha hash of commit before adding the misc files>
.
Как только высделайте выше, коммит, куда вы добавили файлы, исчезнет.Теперь вы можете начать работать и нажать.
Если у вас есть другие коммиты (которые вам нужны) между добавлением этих файлов и сейчас, вы можете сделать git rebase -i <hash before file adding>
и удалить коммит, в который вы добавили файлы