Я только что понял, что CopSSH основан на Cygwin, что, я думаю, означает, что пути нужно указывать по-другому. Попробуйте использовать, например,
/cygdrive/c/Program\ Files/My\ Program/myprog.exe
вместо
"C:\Program Files\My Program\myprog.exe"
.
Кстати, могут также применяться следующие часто задаваемые вопросы CopSSH: http://www.itefix.no/i2/node/31.