Вам необходимо отобразить букву на символ. Я обычно предпочитаю карту, которую вы можете инициализировать с помощью
Map<Letter,Symbol> morseCode = new HashMap<Letter, Symbol>();
for (int i =0; i< YOURLETTERS.size(); i++) {
morseCode.put(YOURLETTERS.get(i), YOURSYMBOLS.get(i));
}
Затем, как вы сказали, перемещайтесь по символьной строке сообщения, ищите отображение и добавляйте символ к результату (возможно, к массиву или списку)