Я считаю, что URL должен быть относительным URL вашего сайта.Скрипт должен быть запущенной функцией python, а не именем файла.Таким образом, ваш app.yaml должен быть.
handlers:
- url: /backend
script: mybackend.myfunction
login: admin
Ваши экземпляры бэкэнда и внешнего интерфейса используют одни и те же обработчики, между ними нет никакого различия.