Я думаю, что это может быть неправильное использование setuptools. Если вы хотите придерживаться установки с помощью setuptools, вам, вероятно, следует найти файл конфигурации и громко объявить об этом своим пользователям, но если требуются значения по умолчанию, их следует прочитать изнутри самого пакета, используя что-то вроде resource_stream, так что вы можете быть уверены, что найдете его независимо от того, была ли запущена установка из системы, установленной easy_install, в virtualenv или из системы упаковки, такой как rpm.
в последнем случае фактически размещение такого файла конфигурации было бы нецелесообразным, поскольку пользователей системы не существует на момент создания rpm.