Проблема частично решена.
Изменена эта строка: ./vendor/doctrine-mongodb/lib/Doctrine/MongoDB/Collection.php # 146
--return $this->mongoCollection->batchInsert($a, $options);
++return $this->mongoCollection->batchInsert($a);
Было выдано предупреждение (batchInsert ожидает ровно 1 параметр, 2 данных9, который остановил бы сохранение документов. Подавление предупреждения с помощью @ не помогло. Проблема сейчас в том, что аргумент $ options необходим для безопасного пишет, и я не знаю, как это исправить.