Changelists отделены от регулярной политики «совершать только новые и помеченные вещи».Явное удаление файла из всех списков изменений должно работать.
svn changelist --remove atlassian-jira/secure/views/navigator/navigator.jsp
Чтобы удалить все файлы из всех списков изменений, передайте верхний каталог хранилища, например, так:
svn changelist --remove --depth infinity .
Обратите внимание на последнееточка, указывающая текущий каталог.