Определить переменные для значений:
...
<c:when test="${columnB == 'MWS'}">
<c:set var="bValue" value="${line.initialQS.quantities[0]}" />
</c:when>
...
Затем выполните расчеты или форматирование:
<fmt:formatNumber value="${bValue - aValue}" type="number" maxIntegerDigits="10" minFractionDigits="0" maxFractionDigits="2" groupingUsed="true" />