Попробуйте создать новый проект и посмотрите, остается ли проблема. Конфигурация JDK хранится по имени в каталоге .idea, убедитесь, что файлы XML в этом каталоге не изменены извне (например, через Dropbox или Version Control).
misc.xml файл должен содержать что-то вроде:
<component name="ProjectRootManager" version="2" languageLevel="JDK_1_6" assert-keyword="true" jdk-15="true" project-jdk-name="1.6" project-jdk-type="JavaSDK">
<output url="file://$PROJECT_DIR$/bin" />
</component>
Модуль * Для файлов 1008 * может быть определен JDK для конкретного модуля:
<orderEntry type="jdk" jdkName="1.6" jdkType="JavaSDK" />
Само определение JDK хранится в каталоге конфигурации IDEA в файле options\jdk.table.xml.
Итак, вам нужно проверить все 3 местоположения выше (misc.xml, .ipr файл, файл jdk.table.xml), чтобы убедиться, что они не меняются при перезапуске и что конфигурация JDK остается прежней.
Убедитесь, что конфигурация IDEA и все файлы проекта расположены на локальных дисках, удаленные диски могут вызывать такие проблемы. Использование зашифрованных разделов / папок также не рекомендуется.