Используйте ServerAlias
в конфигурации VistualHost
: настройте его как один виртуальный хост, где все субдомены указывают на одну корневую папку:
<VirtualHost *:80>
ServerName mysite.com
ServerAlias *.mysite.com
DocumentRoot "\path\to\your\site\"
...
</VirtualHost>
Это наиболее рекомендуемый способ -здесь нет необходимости перезаписывать URL.