Вы можете передать оба вида массив или объект , например:
$data = new StdClass;
$data->title = "The Title";
$data->content = "The Content";
$this->load->view('main', $data);
или
$data = new SomeClass;
$this->load->view('main', $data);
Кроме того, в каждом представлении вы можете передавать разные данные:
$data1 = array("key" => "val");
$data2 = $this->some_class->some_method($params);
$data3 = $this->another_class->another_method($params);
$this->load->view('navigation', $data1);
$this->load->view('main', $data2);
$this->load->view('footer', $data3);