Как мне сохранить карту между инструкцией LLVM IR и строкой исходного кода, если используются llvm-gcc или dragonegg?
Внутри LLVM ИК отладочная информация должна использоваться для этой цели. См. http://llvm.org/docs/SourceLevelDebugging.html для получения дополнительной информации.
llvm-gcc (и DragonEgg) сгенерирует все для вас при условии, что та же информация доступна на уровне GIMPLE.