Это не совсем правильный вопрос.
.htc файлы обычно используют javascript. jQuery - это просто библиотека, которая располагается поверх javascript и дает вам некоторые дополнительные функции. Вы могли бы даже использовать его в файле .htc, если хотите. Таким образом, вы в основном спрашиваете о производительности самого jQuery.
Я никогда не изучал статистику, но могу сказать, что jQuery в большинстве случаев пренебрежимо медленнее, если вы правильно используете селекторы и задаете им контексты. Это значительно облегчает кросс-браузерное кодирование и обычно стоит небольшого снижения производительности.
И если в качестве альтернативы используется ваш собственный взломанный код, то вы можете увидеть повышение производительности вместо снижения производительности при использовании jQuery.